SARS-CoV-2 kvantifiering

Introduktion

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) är ett enkelsträngat RNA-virus som orsakar COVID-19 (coronavirus disease 2019), den luftvägsinfektion som orsakade COVID-19-pandemin. SARS-CoV-2 identifierades först i staden Wuhan, Hubei, Kina, och Världshälsoorganisationen (WHO) deklarerade att viruset var ett internationellt akut hot mot människors hälsa mellan den 30 januari 2020 och 5 maj 2023. För mer information om symtom, risker och vaccination mot influensavirus, besök Folkhälsomyndighetens motsvarande sida.

SARS-CoV-2-viruspartiklar kan utsöndras via andningsdroppar, aerosoler och kan även förekomma i avföringen hos smittade individer. Detta möjliggör att SARS-CoV-2-viruset kan upptäckas i avloppsvatten och att infektionstrender på populationsnivå av COVID-19 kan följas genom avloppsvattenbaserad epidemiologi (på engelska wastewater-based epidemiology, WBE).

Data som presenteras på denna sida genereras i Sveriges lantbruksuniversitets (SLU) laboratorier vid Svenskt Miljöepidemiologiskt Centrum (SEEC). Data och visualiseringar på den här sidan uppdateras vanligtvis veckovis, oftast på måndagar. För en omfattande förståelse, vänligen hänvisa till Metoder avsnittet. För en allmän översikt om avloppsvattenövervakning, vänligen besök Avloppsbaserad epidemiologi i Sverige

Viktig notering:
Notera att de poäng som tillhandahålls i datasetet och som visas i grafen nedan är preliminära, så korrigeringar och ändringar kan förekomma. Data och information om gruppen på den här dashboarden uppdateras kontinuerligt.
Notera också att även om samma metoder används för alla städer som visas på den här fliken, kan skillnader i befolkningen och hur avloppsvatten samlas in i olika städer påverka jämförelser dem emellan.

Visualiseringar

Senast uppdaterad:

Att rotera mobiltelefonen kan förbättra grafens layout

Källkod som används för att skapa grafen: Källkod.

Kommentarer från forskargruppen

Datum:
Kommentar:

Rapporter från forskargruppen

Forskargruppen tillhandahåller även en rapport som sammanfattar informationen från deras avloppsvattenmätningar. Den senaste rapporten finns tillgänglig som pdf här (endast tillgänglig på svenska).

Dataset

Kontakt: anna.szekely@slu.se och javier.vargas@slu.se

Ladda ner data: Genkopieantal av luftvägsvirus normaliserat mot PMMoV-genkopieantal, CSV fil.. Data finns tillgängligt från vecka 38 2020 och uppdateras veckovis.

Citera datasetet:

Székely, A. J., Malmberg, M., Vargas, J., Mohamed, N., Dafalla, I., Petrini, F., Davies, L. (2023). Dataset of SARS-CoV-2, influenza A and influenza B virus content in wastewater samples from wastewater treatment plants in Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14256317.

Metoder

Avloppsvatten samlas in från flera olika reningsverk runt om i landet. För mer information om reningsverken, besök sidan om bakgrunden till avloppsvattenövervakning. För de flesta städer som representeras på den här sidan används flödeskompenserade provtagare vid avloppsreningsverken (WWTP) för att samla in råa, obehandlade avloppsprover representativa för en enskild dag. Uppsala är undantaget, där prover samlas in dagligen och sedan kombineras flödesproportionellt till ett sammansatt veckoprov som används för analyserna.

Proverna bearbetas enligt standardmetoder. För prover som samlats in fram till och med vecka 18 2021 koncentrerades virala partiklar med hjälp av elektronegativ filtrering (Ahmed et al., 2020). Från vecka 19 2021 har det virala genomiska materialet istället koncentrerats och extraherats med hjälp av en metod som använder Maxwell RSC Enviro TNA-kitet (Promega).

Absolut kvantifiering av antalet kopior av SARS-CoV-2-genomet utförs med ett One-Step RT-qPCR. Till och med vecka 31 2023 kvantifierades virusgenom med ett SARS-CoV-2 specifikt N1-test från Centers for Disease Control and Prevention (CDC). För att korrigera för variation i population och avloppsvattenflöde kvantifieras förekomsten av pepper mild mottle virus (PMMoV), ett växtvirus från peppar som människor får i sig via maten. PMMoV kvantifieras med hjälp av en modifierad version av testet i Zhang et al. (2006). PMMoV är det vanligaste RNA-viruset i avföring från människa och används för att uppskatta mängden avföring från människa i avloppsvattenprover (Symonds et al., 2019). För mer information om hur normaliseringsmetoden utvärderats se Isaksson et al. (2022).

Data i graferna och datafilen presenteras i tre olika format:

PMMoV-normaliserat SARS-CoV-2-innehåll visar förhållandet mellan det kopieantal som uppmätts med SARS-CoV-2-testet och PMMoV-testet, multiplicerat med 1000. Eftersom SARS-CoV-2-testet ger en proxy för SARS-CoV-2-virusmängd i avloppsvattnet och PMMoV är en proxy för avföringsinnehållet (som är relaterat till den bidragande befolkningen) kan förhållandet mellan de två betraktas som en proxy för förekomsten av SARS-CoV-2-infektioner i befolkningen i avloppsvattnets upptagningsområde.
Koncentration av SARS-CoV-2-genomkopior visar koncentrationen av SARS-CoV-2-kopienummer som uppmäts i avloppsvattnet. Dessa data påverkas av hur de olika avloppsvattensystemen är uppbyggda och lämpar sig därför inte för jämförelse mellan platser. Virushalten i avloppsvattnet påverkas också av väderhändelser som påverkar avloppsflödet (t.ex. kraftigt regn eller snösmältning).
SARS-CoV-2-genomkopior/dag/invånare representerar den uppskattade dagliga virusmängden i avloppsvattnet normaliserad för antalet invånare anslutna till systemet. Dessa data går att jämföra mellan olika platser. Vissa fördröjningar i presentationen av dessa data kan förekomma, jämfört med de andra analyserna.

Citera metoden:

Isaksson, F., Lundy, L., Hedström, A., Székely, A. J., Mohamed, N. (2022). Evaluating the Use of Alternative Normalization Approaches on SARS-CoV-2 Concentrations in Wastewater: Experiences from Two Catchments in Northern Sweden. Environments, 9, 39. https://doi.org/10.3390/environments9030039.

Relaterade dataset

Genomiska SARS-CoV-2 analyser från avloppsvatten (data tillgängligt på European Nucleotide Archive (ENA) under projektnummer PRJEB60156). Forskargruppen från SLU har analyserat avloppsvattenprover från Uppsala, Örebro, Umeå och Kalmar (2021-2022).

Arkiverade data

Kvantifiering av SARS-CoV-2 av andra grupper

Andra grupper kvantifierade också SARS-CoV-2 i avloppsvatten i Sverige. Grupperna använde olika metoder för att kvantifiera SARS-CoV-2 och mätte i vissa fall olika områden av Sverige. All data från grupperna nedan är historisk:

Göteborgs universitet (GU): Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 i avloppsvatten från Göteborg från Helene Norders forskargrupp vid GU.
SEEC-KTH noden:Kvantifiering av mängd SARS-CoV-2 i avloppsvatten från Malmö, Stockholm och Göteborg från forskargruppen SEEC-KTH (uppdateras inte efter juni 2023, historiska data finns tillgängliga).